由于現在醫療衛生條件的進步，結核菌的感染發生率比較低，腦結核的治愈率也隨著醫療水平的提高，治愈率也明顯提高。根據以前的經驗，基本上60%-70%以上的腦結核都可以得到治愈，治療后能得到良好的結局。腦結核治療療效不好的主要原因，可能和就診的時機有關，例如患者已經到晚期，病情非常重，或者是昏迷的時候才過來進行診治。或者剛開始沒有得到準確的這種診斷，一直被誤認為霉菌性的腦膜炎或者是其他類型的腦膜炎，像此類沒有得到準確的診斷，最終也貽誤了治療時機。還有極少數耐藥的腦結核預后也比較差，但是這些情況都相對比較少。