慢性腎盂腎炎，最有效的治療方法是選擇合適的抗菌素，進行有效的治療。慢性腎盂腎炎的致病菌多種多樣，一般來說常見的首先是大腸埃希菌。其次是克雷伯桿菌、綠膿桿菌、腸球菌、凝固酶陰性的葡萄球菌等。因此對于慢性腎盂腎炎的人群，建議多次進行清潔中的尿培養，特別是在慢性腎盂腎炎急性發作時，做清潔中的尿培養。另外，針對致病菌，選用敏感的抗生素進行治療。同時抗菌素的使用時間相對要長，一般來說，需要用4-6周。停藥1周以后，要多次進行尿常規，以及清潔中的尿培養，清潔中尿培養的檢測確實是陰性，才提示臨床治愈。其次要針對引起慢性腎盂腎炎的誘因進行治療，如泌尿系統畸形、輸尿管狹窄等，盡可能去除誘因，提高慢性腎盂腎炎的治愈率。慢性腎盂腎炎的預防也非常重要，如平時要注意提高免疫力，適當多飲水，注意外陰的清潔，對于減少慢性腎盂腎炎反復發作有益。