卵巢囊腫一般不會影響生育，特別對于單純性的小囊腫，可以自然懷孕。對于特殊類型或特別大的囊腫，可能會影響妊娠。因特別大的囊腫，會破壞卵巢功能，改變輸卵管結構，從而導致不孕。 還有一種特殊類型的囊腫，稱為巧克力囊腫，也稱內膜異位囊腫，也有可能導致不孕。對于內膜異位癥的患者，40%可能會出現不孕，其會影響排卵，也可能會導致盆腔粘連，導致輸卵管功能異常，從而導致不孕。但并非所有的內膜異位癥都不能自然懷孕，如較小的巧克力囊腫也可以自然受孕。所以卵巢囊腫不必過于憂慮，需明確其性質、大小，綜合分析。