扁桃體正常結構呈蜂窩狀，通常不會癌變。扁桃體表面存在比較多的小開口，正常情況下不含有分泌物。如果出現慢性扁桃體炎，隱窩內可能會存在分泌物，容易堆積，甚至還會形成結石，堵塞于扁桃體隱窩。對于慢性扁桃體炎的患者，平時即使沒有急性發作，扁桃體隱窩內也會存在細菌，形成免疫復合物。此類免疫復合物會入血，隨著血液流動，容易沉積在心臟或者腎臟，身體抵抗力稍微低下時，比如感冒或者淋雨后，可能會出現急性心肌炎或者急性腎炎。對于慢性扁桃體炎的患者，尤其是扁桃體表面經常出現小白點或者結石等，建議盡快將扁桃體切除。切除扁桃體后便不會有慢性炎癥刺激，也不會有分泌物、免疫復合物，因此不容易造成心肌炎或者腎炎的風險。對于扁桃體其他病變，比如扁桃體囊腫或者扁桃體乳頭狀瘤，在進行切除時也會連同扁桃體一起切除。