無痛胃鏡的禁忌癥分為2種，一種是不能做胃鏡，一種是不能做無痛。胃鏡沒有絕對的禁忌癥，但比如急性心梗，即心梗的急性期、腦血管病的急性期，考慮做胃鏡的風險遠遠大于獲益時，不能做胃鏡。而麻醉的禁忌癥為不能夠耐受麻醉，則建議不做無痛胃鏡檢查，比如有嚴重的心腦血管疾病，目前正處在上呼吸道感染急性期，咽部分泌物較多，此時進行麻醉，有可能引起窒息等嚴重的呼吸問題，嚴重的睡眠呼吸暫停綜合征的人也不建議做無痛胃鏡。做無痛胃鏡，即靜脈麻醉下做胃鏡檢查，藥物對呼吸、心臟有一定的抑制作用，有相對危險的人也不建議做無痛胃鏡檢查，比如存在消化道急性穿孔等，均為胃鏡的禁忌癥，不能做胃鏡的人也就無法做無痛胃鏡檢查。