針對囊腫比較大或者里面出現異常改變，需要進一步處理。肝囊腫外面為囊壁，內部為清亮液體。肝囊腫為因胚胎時期肝內膽管或淋巴管發育異常所形成的囊狀結構。大部分肝囊腫較小，沒有任何癥狀，所以不需要特殊治療，定期復查、隨訪即可。有少部分肝囊腫會緩慢增大，甚至部分肝囊腫因內部出現出血、感染、膽瘺等。里面不再是清亮液體，出血時會變成血液，感染時會變成膿液，膽瘺時會變成膽汁糊。處理方式包括穿刺、手術，手術主要是將囊腫的囊壁手術，將囊腫超出肝表面的囊壁消除，整個囊腔暴露在腹腔，從而形成隕石坑樣狀態。囊液分泌直接流入腹腔，隨時間整個囊腔逐漸縮小恢復，肝囊腫得到有效處理。如有出血、感染、膽瘺等，則需要根據具體情況，先保守控制癥狀或直接手術治療，具體情況、具體分析。