急性結膜炎痊愈的時間，取決于引起結膜炎的病原體以及自身的抵抗力。如細菌性結膜炎，如果找到有效的抗生素眼藥水或應用的廣譜抗生素眼藥水，針對致病細菌比較敏感，可能1-2周結膜炎癥狀即可緩解。如果屬于病毒性結膜炎，即便不用藥2周左右也能自行好轉，但用藥以后癥狀會減輕，可以改善患者不適的癥狀，同時也可以減少對角膜的損傷。如果結膜感染的病原體是衣原體或支原體甚至是真菌，診斷及治療較困難。只有感染后出現較多體征，才能判定屬于較為嚴重的病原體所致的結膜炎，甚至多數情況下侵犯角膜以后，才明確并非普通結膜炎。目前針對支原體、衣原體、真菌等敏感的抗生素相對較少，可能出現病情遷延不愈，通常會用廣譜抗生素眼藥水與抗病毒的眼藥水平點，同時建議患者鍛煉身體，增加抵抗力，體質較好的情況下有助于促進結膜炎恢復。