梅杰綜合征的治療包括內科、外科治療。早期梅杰綜合征對患者的生活影響較小時，可口服藥物治療，常用藥物包括安坦、氯硝西泮、巴氯芬、氟哌啶醇等藥物。隨疾病進展，如眼瞼痙攣較為嚴重或出現明顯口、下頜痙攣，影響患者生活質量時可考慮進行肉毒毒素注射治療。肉毒毒素的注射需神經科專科醫生經過特殊培訓后才可進行，并且在肉毒毒素注射后患者可出現輕度面癱，但痙攣癥狀可得到明顯改善。肉毒毒素注射后在三個月以內有效，所以需長期、反復注射治療。 當口服藥物治療、肉毒毒素治療后效果不佳或不耐受反復肉毒毒素注射的患者可采用外科治療。如腦深部電刺激手術，可使梅杰綜合征患者的癥狀得到明顯改善，并且長期有效。