尿尿時龜頭疼痛，往往見于兩種情況，主要如下：1、尿道炎：常見的細菌如大腸桿菌、金黃色葡萄球菌、變形桿菌，沿著尿道入侵，進入到尿道的黏膜，還有膀胱的黏膜，細菌在這些移行上皮黏膜表面定植之后，就會造成黏膜細胞充血、水腫、滲血，甚至感覺神經外露，這就導致了臨床上一系列的尿頻、尿急、尿痛、尿道外口紅腫，甚至龜頭處在排尿時出現明顯的疼痛。由于這些病變是細菌感染所致，所以常用的治療方案是采用抗生素治療。臨床上常用的代表性抗生素，如左氧氟沙星，或者頭孢類抗生素，代表性藥物是頭孢克洛，往往在治療1周以后，會有顯著的改善；2、包皮炎或者包皮龜頭炎：另一大類導致尿尿時龜頭疼痛的是包皮炎，或者診斷為包皮龜頭炎。通常見于包皮過長，又不注意清洗的男性，或者包皮根本下翻不下來， 包莖的男性，特別容易多見。這時包皮垢常年沉積在冠狀溝龜頭表面，容易出現細菌入侵，造成龜頭和包皮的表面疼痛，在尿尿時自然會誘發龜頭的疼痛。這時一般采用有抗菌功能的軟膏，如紅霉素或者百多邦(莫匹羅星軟膏)，一般治療7-10天，就會有顯著的療效。