陰莖排尿時出現疼痛，其常見原因如下：1、淋菌性尿道炎：為最常見原因，病人發生淋菌性尿道炎時，會在尿道黏膜表面形成紅疹、紅斑，還會出現水泡、膿皰，也還會出現尿道黏膜水腫、糜爛癥狀。出現上述癥狀時，病人會出現尿道刺痛和尿道隱痛癥狀，常常伴有尿道口膿性分泌物；2、衣原體感染：陰莖尿道疼痛，還見于衣原體感染病人。病人發生衣原體尿道炎時，也會在尿道黏膜形成水腫、糜爛，還會出現水泡、膿皰，水泡破裂后會形成局部潰瘍面，也會出現尿道疼痛癥狀；3、尿道結石：當結石嵌頓在后尿道狹窄部位時，會出現明顯的尿道疼痛癥狀，常常伴有尿道口流血癥狀；4、支原體感染：病人發生支原體性尿道炎時，也會出現尿道隱痛癥狀，常常伴有尿道口稀薄分泌物，還會伴有尿道刺癢癥狀。出現上述癥狀時，應及時到泌尿外科或男科就醫。通過分泌物檢查，常能查明致病微生物，通過選擇有效抗生素治療，多數病人陰莖排尿時疼痛癥狀會明顯好轉。