兒童感染肺炎支原體以后，根據體質和感染程度，病情有輕有重。輕者可僅表現為上呼吸道感染，像感冒一樣，但也可以非常嚴重。輕者從上呼吸道逐漸到氣管、支氣管，嚴重者可引起肺炎，甚至合并肺不張、肺實變、胸膜改變，以及肺外改變等。 常見除了引起支原體肺炎之外，可能還會引起心臟、肝臟、腎臟、神經、血液系統等受累。心臟可能會因支原體感染引起心肌炎、心功能不全，神經系統還會引起支原體腦炎，與一般感染性腦炎一樣，也可以引起肝功能異常，甚至支原體感染腎臟引起血尿、蛋白尿等。