脊索瘤的患者的平均壽命大概為5-7年，但平均壽命會有波動范圍。脊索瘤既可以發生在顱底，也可以發生在脊柱，如骶骨，且患者病變累及范圍不同，部分患者能夠進行腫瘤邊界正常組織擴大的根治性切除，因此腫瘤復發率會明顯降低，或復發時間間隔會明顯延長，患者的預期壽命也能夠得到顯著改善。如果腫瘤沒有實現全切，只能實現部分切除，即使手術后進行放療和化療，患者的預期壽命也不會特別長。每個人的預期壽命會有很大個體差異，病情嚴重的患者，可能1-2年就足以危及生命，而經過治療的部分患者，對治療敏感性較好，且手術可以實現根治性切除，患者有希望存活10年以上。脊索瘤是來源于胚胎殘余組織的一類緩慢侵襲性生長的腫瘤，雖然屬于低度惡性腫瘤，但是侵襲性生長的本質，令其很難通過手術實現腫瘤全切，因此脊索瘤患者的預期壽命并不太理想。腫瘤在后續過程進行放療后，仍然可以復發，并逐漸影響患者，造成神經功能障礙，以及其他功能障礙。