脊索瘤患者的壽命，與其發現脊索瘤的時機、腫瘤大小，以及治療的手術情況有關。過去的脊索瘤患者，5年生存率只有30%左右，現在隨著技術的進步，國內外近期的研究表明，脊索瘤患者的5年生存率已經接近60%。如果脊索瘤患者的腫瘤發現時間較早，且腫瘤較小，其范圍、位置又可以通過內鏡做到完整切除，脊索瘤患者的治愈并非完全不可能。現在隨著神經外科醫生手術水平的進步，隨著技術支撐的進步，過去只能進行開放性手術，現在可以通過內鏡手術即神經內鏡進行治療，可以提供非常好的視野。早期發現的脊索瘤患者，進行完整切除，可能達到較好的臨床治愈效果，即預期壽命較長。脊索瘤雖然在組織學上算一種良性腫瘤，但是呈浸潤性生長，過去幾乎100%的患者均會復發，復發的原因是沒有完整切除，而現在因為脊索瘤有可能做到完整切除，所以患者的預期壽命可以很大程度延長。