扁桃體手術中患者一般感覺不到疼痛，手術是全麻下進行操作，術后短期12小時內可能疼痛不顯著，通常在術后第2天開始出現不同程度的疼痛。年齡越小的患者，疼痛越不顯著，年齡越大，疼痛越明顯。如果扁桃體只是增生肥大，炎癥不嚴重，此時術后扁桃體的疼痛不明顯，長期反復發炎的患者扁桃體的體積小，術后疼痛較明顯。扁桃體手術的疼痛與扁桃體的體積有關，扁桃體體積越大，創面就越大，比扁桃體較小、創面較小的患者，疼痛明顯。因此扁桃體手術是否疼痛與年齡、感染嚴重程度、扁桃體手術創面大小有關，還與個人對疼痛的耐受程度相關。