包莖手術可能會有較輕的疼痛感，此手術通常采用局部麻醉，在陰莖根部注射麻醉藥，大多數患者的麻醉效果較好，能夠耐受切割和縫合的疼痛。由于包莖患者，龜頭被包皮長期包裹，龜頭比較敏感，可能在術中和手術后無意中觸碰龜頭時感覺不適，不適可在術后幾周內逐漸消退。手術1小時后，麻醉藥效果會逐漸消失，此時患者可感覺到第一次較明顯的疼痛。手術后當天晚上，由于患者不太適應夜間勃起，會感覺到第二次較明顯的疼痛。此后患者會逐步適應疼痛，口服鎮痛藥的可能性也逐步降低。經歷過若干次換藥后，患者傷口不再感覺有明顯疼痛，而龜頭敏感度也會隨時間推移下降。患者需要忍受手術的疼痛，才能緩解包莖帶來的后果。