新生兒做CT會有部分影響，如有X線，核磁的X線比較小，所以能用核磁檢查代替CT就盡可能用核磁檢查，但是也不是所有的都可以代替。需要做CT的疾病，一般也比較嚴重，如果不做其影響會更大，CT檢測的時間比較短，3-5分鐘可能也比較方便，核磁需要的時間一般20分鐘左右。所以對于新生兒來說，尤其是對于危重的新生兒，做核磁檢查可能有部分局限性，需要有醫生在旁的監測，不然也會有生命危險。目前也有B超檢查可以代替CT的檢查，也可以做到床旁的檢測，損傷性比較小，但是清晰度相對也比較差，也不能完全代替，B超檢查只是作為一種觀察的方式來檢測。