新生兒做核磁共振檢查主要是做頭顱、關節，核磁檢查對人體沒有明確傷害指征，一般認為安全，核磁共振檢查按層次進行掃描，需要時間相對比較長，因此新生兒檢查一般都需要鎮靜處理。 核磁檢查對顯示新生兒的頭顱顱內病變最為清楚，所以新生兒腦缺氧表現、腦功能恢復的情況優選核磁共振，但有時因為檢查不方便等原因，會選擇CT檢查或者頭顱B超，但是從安全角度講新生兒做核磁共振是安全的。部分寶寶有腹腔問題，包括肝臟、心臟問題，也可以優選核磁檢查，而肺部問題選CT檢查，相對比較好，部分先天性淋巴管畸形的寶寶優選做核磁共振檢查。