艾滋病的阻斷藥物分為核苷類、非核苷類、蛋白酶抑制劑、整合酶抑制劑、融合抑制劑、介入抑制劑等多種，其中還包括一些組合藥物。現在藥物的副作用越來越小，而過去藥物的副作用非常大，現在隨著全世界各研究機構不斷地研發出新的藥物，能夠很好的控制病毒的同時，也減輕了藥物的副作用。現在包括國家免費提供的藥物，比剛開始國家提供的免費藥物副作用要明顯減少。所以不同藥物的副作用也會不同，有些藥物可能服用以后會出現針對腎臟的損傷，對于肝臟的損傷，有些藥物可能會出現骨髓的抑制，比如依非韋倫就會出現多夢、噩夢、幻覺等，克力芝是蛋白酶抑制劑，也會出現消化道的一些癥狀，比如惡心、腹瀉等。每種藥物或多或少都會存在副作用，但是總體來講，隨著醫療技術的不斷進步，副作用相對來說越來越小。