肝囊腫開窗術屬于相對比較成熟的手術，而且手術的難度并不是特別大，所以相對不良后果的發生比較少，主要就是手術的并發癥，即肝臟手術引起出血、感染、膽瘺等一系列的風險。肝臟的血供非常豐富，在開窗術的過程中，要進行囊壁的部分切除，切除的過程中。如果本身囊腔內就已經合并了出血、感染、膽瘺，發生并發癥的風險會較高。如果出現膽瘺，需要針對瘺口進行修補。某些情況下，因為里面感染嚴重，會導致整個囊壁充血，血管豐富會導致術后出血的風險增加。此外，也要注意過大的肝囊腫位于膈頂，這一類的囊腫在行開窗手術后，因為手術后會與膈肌粘連，有可能在后期又形成新的囊性病變，還可能會再形成囊液蓄積，甚至需要再次手術。所以肝囊腫開窗術大部分沒有太大的問題，但是也有小部分會出現不良反應和并發癥。