疫苗接種部位會有輕微疼痛，但多數人可以耐受。新生兒剛出生時要接種疫苗，即一針乙肝疫苗和一針卡介苗，分別用于預防乙肝病毒感染和結核桿菌感染。新生兒可以接受打疫苗的疼痛程度，其他人通常也沒有任何的問題。另外，接種疫苗以后產生疼，比如流感疫苗或者新型冠狀病毒疫苗，接種后會出現局部疼痛可持續幾小時到幾天不等，通常在可以忍受的范圍之內。臨床更應關注接種疫苗后所帶來的益處，將益處與疫苗帶來的風險做權衡，當益處高于風險，即推薦注射疫苗。