子宮內膜異位癥是否嚴重因人而異，若癥狀較輕可能僅表現為卵巢子宮內膜異位囊腫。此時子宮內膜會異位到子宮肌層導致子宮腺肌瘤或子宮腺肌病，但可能不會出現明顯的臨床癥狀，更不會因為子宮內膜異位癥而影響日常的生活、工作，定期觀察并及時給予治療即可。但在臨床上也存在較嚴重的子宮內膜異位癥，甚至卵巢部位反復破裂，此時卵巢的子宮內膜異位癥囊腫被稱為巧克力囊腫。反復破口以及內容物流出會造成周圍組織的粘連，嚴重時可能會導致不孕癥以及反復發作的痛經。若盆腔子宮內膜異位癥導致盆腔廣泛粘連，此時解剖結構的異常會使輸卵管蠕動受到障礙而造成卵巢排卵無法被輸卵管所撿拾，未來則可能會導致不孕癥的發生。此外，部分女性可能會發生較嚴重的子宮腺肌病，并且盆腔的子宮內膜異位癥會導致痛經逐年加重，同樣較為嚴重。