甲亢經過碘-131治療后的后遺癥主要是甲減，甚至是永久性甲減。在進行碘-131治療時，醫生需根據甲狀腺的大小及甲狀腺自身的吸碘率，特別精細的計算治療時需要的碘-131劑量。給予的劑量過多時，會導致甲減；給予的劑量過小時，甲亢容易復發。大多數人在治療時，給予的劑量會稍微偏大，為了預防復發，有可能會導致甲減。出現甲減時，可用左甲狀腺素鈉進行替代治療，以維持甲功正常，且甲減的治療相對于甲亢要簡單的多。