兒童灌腸危害較多，常見如下：1、外傷性損傷：操作不當可使得肛門或直腸，出現外傷性損傷，兒童灌腸時不配合的情況下，出現哭鬧、活動較多，可能醫生操作過程中，會引起局部損傷；2、微生態環境：灌腸可能影響腸道正常微生態環境，腸道內有正常菌群。反復灌腸會影響原微生態環境、排便與腸道狀態；3、其他危害：經常灌腸會使用藥物，對血管或局部腸道壁膜，存在刺激和損傷等相關副作用。兒童灌腸不作為首選必要方式，僅特殊情況，如嚴重便秘、不能口服藥物，可通過灌腸方式快速給藥，但不要作為常規首選治療方式。