如果患者陰莖上方、小腹下方疼痛，常見原因如下：1、慢性前列腺炎：為常見原因，由于感染性致病菌刺激前列腺部尿道黏膜，導致黏膜水腫、糜爛，引起前列腺腺體炎性腫大。前列腺腺體炎性腫大后會引起膀胱頸部感染，當膀胱頸部發炎時，患者會出現恥骨上方、膀胱區隱痛或墜脹不適癥狀，即陰莖上方與下腹部疼痛；2、膀胱結石：患者出現膀胱結石時，會出現下腹部膀胱區疼痛癥狀，通常伴有體位性排尿困難癥狀，部分患者還會出現膀胱頸出口局部疼痛癥狀。因此，患者應及時到泌尿外科就診，通過泌尿系彩超檢查可發現是否存在前列腺炎、膀胱結石，引起膀胱出口改變等情況。