便秘的治療比較復雜，因為便秘是一種十分常見、病因非常復雜的疾病。便秘分為器質性便秘或功能性便秘，一般所見的多數是功能性便秘，功能性便秘又分為動力性便秘、出口梗阻型便秘或混合型便秘，因此治療一定要根據不同病因治療，一般情況下是通過改變不良飲食和排便習慣做起，多吃粗纖維蔬菜，養成定時排便的習慣。 如果采取這種方法之后還無法改善，需要根據病因選擇治療方式，比如因為大腸蠕動緩慢導致的動力性便秘，又稱為慢傳輸型便秘，可以服用促進腸蠕動的藥物。當然現在還有一種比較先進的方法，即骶神經調控，又稱為腸道起搏器，也可以通過這種微創可逆的方法進行調控，主要對于慢傳輸型便秘。 對于出口梗阻型便秘，需要根據不同的出口梗阻因素，是痔瘡脫垂、直腸前突還是由于盆底肌的痙攣，選取不同的方法。如果是因為盆底直腸肌的痙攣，往往建議應用生物反饋的方法。如果因為痔瘡脫垂或者直腸前突出口梗阻因素，一般經肛進行小手術可以解決。 便秘的治療還有一種比較新的方法是糞菌移植，因為微生態平衡的打破會引起許多疾病，其中一種疾病就是便秘，因此可以通過糞菌移植來治療便秘。糞菌移植就是將健康人的大便進行多次過濾以后，將正常菌群通過灌腸或者通過內鏡的方法移植到患者的腸道中，調整患者菌群分布，從而達到治療便秘的效果。