囊胚移植的成功率大概為33%，即1/3左右，并非每個囊胚均能移植成功，這也是有時放入2-3個囊胚以增加成功率的原因。若放入過多的囊胚且均移植成功而形成多胞胎，發育也會受影響，所以通常會放入1-2個。囊胚移植的成功率還與年齡、進行試管嬰兒的次數以及子宮內膜的環境等有關，綜合所有因素后的受孕率在1/3左右。隨著試管嬰兒技術逐漸發展，某些明確原因的不孕癥，如輸卵管因素導致的不孕癥治療過程中，試管嬰兒的成功率能夠達到50%，甚至70%。但部分卵子的質量不佳，或者精子質量不佳等其他原因，也會造成受精卵不易著床，還有應該有胚胎質量的問題。所以，只有較好的胚胎才可能著床成功，而壞的胚胎，即使著床成功也無法發育長大。