移植兩個囊胚的成功率非常高，如果在遺傳上沒有問題，兩個囊胚均獲得成功的幾率非常高，所以懷雙胞胎的概率也相對比較大。目前在國際上和國內都推崇單囊胚移植，雙胎被認為是做試管嬰兒可能會出現的合并癥，就是將來在產科時比單胎的風險多很多，比如出現妊娠期糖尿病、妊娠期高血壓疾病，兩個胎兒在擠在一個子宮內，出現早產、流產的風險也比單胎大。所以，目前不推薦兩個胚胎、兩個囊胚移植，推薦單囊胚移植。如果囊胚有分裂的問題，移植兩個囊胚時，如果有一個囊胚如果自我分裂，很有可能形成三胎。出現三胎一定要減胎，通常會選擇單卵雙胎，就是將自我分裂的胚胎去除。兩個囊胚移植后出現三胎的風險，也比兩個卵裂球出現三胎的風險大，所以不建議移兩個囊胚。