胃底賁門癌，通常5年存活率可達50%-60%，但胃底賁門癌總的存活率，取決于是早期癌還是進展期癌。早期癌轉移風險較低，故5年存活率更高，通常可達5-10年。若發現較晚，則患者的存活周期較低，通常為2-3年。胃底賁門癌存活率，應根據胃底賁門癌的性質、分化程度、是否有遠處轉移而定。腫瘤分化程度越低，則惡性度越高，遠處轉移時間越早，遠處轉移機會越高，則患者的存活周期越短。及早發現胃底賁門癌，即使是分化程度低的癌，亦可根治，5年生存率或10年生存率均較高，通常可較早得到根治，達到臨床治愈。若在早癌時段發現賁門癌或胃底癌，即可及早進行內鏡下干預，達到臨床治愈。