胃底和賁門是相連的部位，即賁門是食管和胃交界的部位。胃底賁門癌早期可能會有胃部不適、反酸、胃痛，與常見的胃炎、反流性食管炎、賁門食管裂孔疝的癥狀類似。比較嚴重的情況下，患者可能會出現食欲不佳、嘔血、黑便的癥狀，多數患者以進食哽咽感、貧血、消瘦就診。 所以對于出現進食困難、黑便、貧血的患者，要提高注意，臨床常規要求患者在門診檢查胃鏡和腸鏡。