兒童皰疹性咽峽炎多由病毒感染引起，疾病常呈自限性，病癥較輕時吃退熱劑或清熱藥物即可。嚴重時需患兒根據癥狀，給予抗病毒口服液或噴霧，還要密切關注有無其它并發癥，如熱驚厥、手足口病等。 某些手足口病早期是皰疹性咽峽炎，要重視手足口病，重癥手足口病可危及生命。皰疹性咽峽炎通常在幼兒園較多發，患皰疹性咽峽炎后會出現嗓子疼、不愛吃飯，尤其是進食固體食物吞咽時會痛，故要吃流食、半流食，食物偏涼也可減輕疼痛感，營養保障會利于疾病恢復。