少數枕大池蛛網膜囊腫體積大，壓迫小腦，甚至引起腦脊液循環不暢，才需要進行手術。手術方法有幾類，比較常用的是在顯微鏡下將蛛網膜囊腫切除，并將囊腫的臟層壁和腦池循環打通，這樣蛛網膜囊腫內外就能形成較順暢的腦脊液循環，能夠有效避免囊腫復發。部分患者也可以采取相對微創的治療方法，例如神經內鏡下的囊腫開窗、囊腫與腦脊液血管的打通，或者進行囊腫分流手術。囊腫分流手術是將分流管插入囊腫內，另一端引流到蛛網膜下腔，甚至引流到腹腔內。這些手術能夠有效降低囊腫內腦脊液的壓力，使囊腫逐漸縮小甚至消退。枕大池蛛網膜囊腫是臨床上進行頭顱CT、核磁共振檢查時，常發現的一類病變，絕大多數枕大池蛛網膜囊腫并不會導致患者出現明顯癥狀，臨床上通常也無需特殊手術治療，只需要定期隨診觀察。如果囊腫體積沒有增大，也沒有對患者腦組織形成壓迫，產生神經系統癥狀，并不需要進行手術治療。只有個別體積巨大，并且引起癥狀的蛛網膜囊腫，才需要到神經外科就診，由神經外科醫生確定合理的手術治療方案。