CT的特點為較簡單、方便、掃描時間短、費用低廉，也可以看到鼻咽腔的占位情況，從而可以幫助初篩鼻咽癌。但如果想看到鼻咽癌累及范圍，或進行鼻咽癌準確的臨床分期，則需要核磁共振的幫助。因核磁共振有較好的組織分辨率，可以多維顯示鼻咽腔的占位情況，在臨床上更依賴于核磁共振確診鼻咽癌，以及作為判斷疾病范圍和臨床分期的重要依據。 對于頸部淋巴結轉移較多、疾病分期較晚的患者，在臨床上有時也會推薦患者做PET-CT或者PET核磁共振檢查。PET為全身掃描，可以幫助發現小的淋巴結轉移以及沒有癥狀的全身器官轉移。所以在PET幫助下可以給患者做出更準確的臨床分期，更合理地安排患者的治療。