沙眼的感染，是由于沙眼衣原體對結膜和角膜的慢性持續感染，造成的慢性結角膜炎。如果經過有效的治療，需要大概數年時間才能轉陰，如2-3年或者3-4年。沙眼衣原體是介于病毒和細菌之間的微生物，它的活力很強，目前很難用藥物殺死。由于現在大量廣譜抗生素的應用，對沙眼衣原體有抑制作用，所以一般會反復長期的用眼藥水來抑制沙眼衣原體，同時可以采取物理的方式，比如對已經感染過的結膜或者角膜進行刮痧治療，來破壞沙眼衣原體已經創傷的創面。一般經過數年的有效治療，沙眼衣原體就會轉陰，同時轉陰也有賴于人體抵抗力的增強，如果生活、營養，包括生活衛生的條件環境改善，用眼也很少，一般經過2-3年或者3-4年，就能最早或者盡快使沙眼衣原體轉陰。