新生兒心臟未閉合的原因主要是有以下幾點。一內在因素：1、遺傳因素：比如存在室間缺損，同時存在21三體綜合征，此種未閉合的原因與21三體密切相關，所以新生兒心臟未閉合受內在的遺傳因素影響；2、基因：比如常見的房缺、室缺、動脈導管未閉，也都是由基因決定。此種基因所導致的新生兒心臟未閉合，并不像21三體染色體畸形明顯，而且其發病機制更為復雜。二、外在因素：懷孕早期，胎兒的心臟發育在懷孕的前3個月之內就完成。在此過程中，母體受到了外界因素的影響。比如生物、物理、化學的因素影響，或者照了放射線，或者是感冒、病毒感染，或者是缺乏葉酸，或者是口服某些藥物，都可以導致新生兒的心臟在出生以后不能夠正常進行閉合。很多時候新生兒心臟未閉合找不到明確原因，有些基因缺陷也處于研究階段而沒有確切聯系。很多情況下，都是內部和外部因素相互作用，才導致了新生兒心臟沒有閉合的可能性，如基因缺陷。然后又受到外部因素的影響，從而導致先天性心臟病的發生，導致心臟沒有完全閉合。所以新生兒心臟未閉合的主要原因，大多數都是內在和外在因素相互作用的結果。