部分患者就診時會出現神經性癥狀，懷疑是腦干病變，需要進行CT檢查，判斷腦干是否有病變。 腦干位于腦后下部，由中腦、腦橋和延髓三部分組成，是連接大腦、小腦和脊髓的通道，所以做腦干CT檢查和頭顱CT平掃的常規位置接近，定位時可以把CT向頸椎位置下移幾公分，這樣可以較為完全的檢查腦干部分。 但是，因為腦干周圍顱骨較厚，所以偽影相對較多，所以腦干最好做磁共振掃描，磁共振沒有骨偽影，可以更清晰地顯示出腦干的解剖和形態。