咽喉長期疼痛的原因如下：1、炎癥：如慢性咽喉炎或者慢性扁桃體炎等，都可能會引起病人長期有咽喉疼痛；2、舌咽神經痛以及莖突過長：二者也可以引起病人一側咽喉疼痛；3、腫瘤：如扁桃體癌、淋巴瘤以及喉癌、下咽癌等，這些腫瘤會引起病人長期的咽喉疼痛。所以有了長期咽喉疼痛，一定要到醫院就診，通過喉鏡、電子喉鏡檢查以及影像學檢查，通常能夠明確病因。如果是由于慢性咽喉炎或者慢性扁桃體炎等引起的咽喉疼痛，可以給予含片、漱口水以及治療咽喉炎的中成藥進行治療。如果是舌咽神經痛，也可以用藥物進行對癥治療。如果由于莖突過長引起長期咽喉的疼痛，可以進行手術治療。如果是由于惡性腫瘤引起的咽喉長期疼痛要早期診斷，早期進行手術、放療、化療以及免疫治療等綜合治療。