腦功能成像更多的是科研價值，但是在臨床上也有應用的意義。廣義上的腦功能成像，是指通過磁共振這種無創的技術，檢查腦功能某個角度發生了哪些改變，從而幫助去診斷疾病，以及了解疾病的性質。以彌散成像為例，彌散成像就是通過檢測腦組織中水分的活動，區別血管炎性的水腫，或者是細胞毒性的水腫，從而確定是否存在腦梗死急性期的表現，以及鑒別其他的一些疾病，比如血管炎。張量成像就可以通過一些方法，描繪出腦白質區域的變化，這樣就可以為手術切除腫瘤等提供一個依據，從而減少這種手術的并發性的損害。有時候也可以來研究證實白質纖維的一些疾病，比如腦小血管病等。還有一些成像，比如PWI就是灌注成像，可以通過檢測灌注的方法，或者通過無創不打針的ASL技術，進行檢測腦部的血流的灌注的水平，了解腦部血流灌注的水平，可以評估是否容易發生腦梗，或者發生腦梗的位置，或者是這些代謝的區域，代表的是腫瘤，還是腦梗等不同的疾病。當然還有一些其他技術，比如磁敏感成像，磁敏感成像就可以通過一些方法，發現某些部位的微量的出血，或者是區別鈣化等。