女性念珠菌感染通常是由于自身的菌群失衡，即女性自身微生態的平衡被破壞而導致的感染，而并非來源于外界的感染。女性的口腔、腸道以及陰道內存在真菌，且以念珠菌為主。女性的口腔、腸道以及陰道內存在多種不同的細菌、病原體以及微生物，并且相互依賴、相互平衡、相互制約、共同生存，所以在抵抗力、免疫力足夠強的情況下不會發病。但當女性自身的抵抗力與免疫力受到破壞而出現下降，如存在妊娠期、糖尿病或不良衛生習慣等影響因素時，容易導致女性陰道內菌群失調。若陰道內出現菌群失調，則可能會導致原來存在于陰道內的念珠菌出現異常增殖而罹患霉菌性陰道炎，即外陰陰道假絲酵母菌病。