扁桃體化膿多為急性細菌性感染，扁桃體化膿最常見的細菌包括金黃色葡萄球菌、肺炎鏈球菌、厭氧菌等。針對此類細菌最敏感的抗生素，臨床最常用的為青霉素類和頭孢類抗生素，還可針對厭氧菌，用抗厭氧菌的藥物。扁桃體化膿一般通過抗感染治療、局部對癥治療，大部分可緩解。如果扁桃體化膿特別嚴重，可引起扁桃體周圍膿腫，必須經過局部切開引流膿液。另外予以敏感的抗生素抗感染治療，即可好轉。如果為反復的扁桃體化膿，則有一定的手術指征，需控制局部感染。在沒有咽痛、扁桃體急性化膿期時選擇手術治療。目前的手術治療相對也較微創，如果有手術指征，建議到專科醫院進一步診治。