真菌性膿毒癥是由真菌繼發機體感染造成器官功能障礙，免疫力正常患者真菌性膿毒癥較為少見，只有在高齡、免疫力低下或長期接受激素免疫抑制劑治療的患者、器官移植患者、正常黏膜屏障受到破壞或長期使用廣譜抗生素造成二重感染、危重癥患者較為多見，例如ICU留置較多導管引起導管相關性真菌感染。 免疫狀態正常和生理性黏膜沒有受到破壞的健康人，真菌性膿毒癥感染較少見。高齡糖尿病以及免疫屏障受到破壞的患者，才會存在真菌性膿毒癥感染的風險。