真菌性龜頭炎首先需明確是否是因為真菌感染導致，若為真菌感染導致可使用口服或外用的抗真菌藥物。但是臨床上較少見真菌感染的龜頭炎，對于普通的龜頭炎，可通過簡單調整的方法治療。若龜頭炎可以好轉，不需要進行抗真菌治療，因為抗真菌治療有時會加重龜頭炎。簡單調整的方法包括翻開龜頭，保持龜頭的干燥，經常清洗、去除包皮垢，保持局部干燥和衛生，或者使用外用的藥物，如紅霉素軟膏、復方多黏菌素B軟膏等，消除局部的炎癥反應。部分男性看到包皮內有豆腐渣樣的東西，先懷疑是否為真菌感染，可去皮膚科進行真菌的鏡檢，刮包皮垢或包皮內板的組織去檢查有無真菌孢子。如果明確有真菌孢子的存在，可以診斷為真菌性龜頭炎，再使用抗真菌治療。所以，除非檢查發現有真菌感染的確實證據，才需要進行抗真菌治療，一般的龜頭炎通過簡單的處理和用藥就可以治愈。如果反復發生龜頭炎，存在包皮過長，可以進行包皮的手術，能更徹底治療龜頭炎。