川崎病二次復發的癥狀和首次川崎病發病類似，一般都具川崎病典型的癥狀，比如發熱、雙側球結膜充血、唇紅皸裂、楊梅舌、頸部淋巴結腫大、全身多形性皮疹、手足硬腫，還有恢復期的脫皮。另外，川崎病二次復發時，家長的就醫意識比第一次明顯增強，可能川崎病患兒的早期癥狀并不典型，但家長因為有了首次川崎病的經驗，對疾病的認識或重視程度明顯增加，出現發燒、眼睛紅、皮疹或唇紅皸裂等癥狀時，家長就會對臨床醫生有所提示。此外，個別患兒二次發作時，臨床癥狀沒有首次典型，同時部分患兒可能會出現其它系統或器官受累的表現，比如可能會出現消化道或呼吸道受累的表現。