確診賁門癌最準確的檢查是胃鏡下活檢，取得組織以后送病理檢查，從而能明確診斷。首先要做胃鏡檢查來明確診斷，通過胃鏡檢查發現賁門占位性的病變、賁門的潰瘍性病變、增生性的隆起等。有異常改變以后，通過胃鏡檢查可以進行活檢，切取或獲取部分病變的組織送病理檢查。病理檢查是確診賁門癌最主要或者唯一的手段，只在病理上明確是惡性的，才能診斷賁門癌。有時候一次活檢不一定能取得病變的組織，要進行反復多次的活檢，直到取得組織，在病理上發現有異常。如果3次病理活檢還是不能確診，可以隨訪一段時間再進行或者1個月后再做病理活檢。