氣管鏡檢查需要患者配合，若患者在氣管鏡檢查前局部麻醉良好，氣管鏡插入可能非常順利，患者無劇烈咳嗽等不良反應，真正氣管檢查時間大約15分鐘，即醫生持氣管鏡進入到每一支氣管，觀察氣管內有無病變時間大概需要15分鐘。若進行病理檢查，時間需要加長。 進行病理檢查時夾除氣道黏膜后，需要觀察黏膜有無出血，若局部出血，可能需要經過止血處理。部分病變在氣管外側，需要通過超聲引導下，經氣管穿刺到氣管外病變組織，取氣管外組織進行病理檢查，難度和危險度增加，時間也會增加。大多數順利情況下，氣管鏡取病理檢查時間在半個小時左右，病情復雜時間延長。