多囊肝合并多囊腎很大的時候，囊腫很大，而且整個肝臟和腎臟都有。此病人到晚期，肝功能有問題，出現肝功能衰竭或(和)腎功能衰竭，建議做肝腎聯合移植手術。如果不移植肝臟原來的肝臟，則沒有功能，另外多囊腎是雙側腎臟都同時發生。所以此部分病人肝功能有問題的同時，如果有腎功能異常、肌酐增高等，影響腎臟的功能，則主張做肝腎聯合移植手術。手術效果尚可，很多病人也從手術中受益。