呼吸科醫生有時會讓慢性咳嗽久治不愈的患者去消化科檢查，此時通常懷疑慢性咳嗽是由于胃食管反流所致。咳嗽的主要作用是清除氣管內的異物，如果在胃食管反流的情況下，胃酸從胃反流到食管，甚至反流到咽部進入氣管后，氣管會試圖通過咳嗽反射將胃酸排出。 在這種情況下，如果僅使用止咳藥或消炎藥，不針對胃食管反流進行治療，通常很難治愈。因此部分慢性咳嗽患者是由于胃食管反流引起，需要在消化科進行治療。