植物神經功能紊亂治療相對較麻煩，因為植物神經功能紊亂不能僅憑借某一個系統或者某一癥狀的對癥處理就能完全治愈。比如植物神經功能紊亂可能會引起心慌、消化系統癥狀、血壓的改變等，如果只是針對這些癥狀進行對癥處理，則難以根除。植物神經功能紊亂的治療需要明確發病原因，如更年期或者情緒激動、焦慮、抑郁等因素。此時除了對癥處理外，還要調理生活習慣，比如避免過度勞累以及避免濃咖啡、酒精的刺激，養成規律的睡眠習慣。同時部分患者常合并抑郁或者焦慮情緒，所以也要遵醫囑適當地應用抗抑郁藥物，如艾司西酞普蘭。部分患者同時會合并失眠，也要遵醫囑使用改善睡眠的藥物。所以綜合予以改善生活習慣、緩解外界刺激因素、應用抗抑郁或者改善失眠藥物，再加上對癥處理后，植物神經功能紊亂引起癥狀才能夠逐漸緩解。如果只是局部進行對癥處理，則難以完全地進行根除。