腰椎間盤突出癥微創手術最常見的后遺癥是腰痛，手術雖然創傷小，但仍會破壞部分正常腰部結構，幾乎所有患者術后均有一定程度腰痛，尤其在活動時疼痛較為明顯。一般術后給予患者抗炎止痛藥物，在緩解疼痛癥狀的同時可減輕手術部位的炎癥反應。大部分患者疼痛癥狀逐漸消失，少數患者持續較長時間，部分患者在天氣變化時出現酸脹或疼痛，但程度較輕。 術后腰腿痛、麻木癥狀緩解，但仍有部分殘留，以麻木癥狀殘留最為多見，這是神經功能受損無法完全恢復的表現。后遺癥不是并發癥，任何手術或其它任何形式的治療都不可能使椎間盤和神經恢復如初，因此或多或少都可能存在后遺癥，但此類癥狀經過正規治療后對生活質量影響較小。