卵巢囊腫手術后可能會復發，但這種病例非常少見，在臨床上絕大部分囊腫在手術后都不會復發。但部分類型的卵巢腫瘤容易復發，如臨床上容易出現雙側畸胎瘤，也就是兩側卵巢同時發現畸胎瘤，畸胎瘤術后容易復發。子宮內膜異位囊腫也容易復發，又叫做巧克力囊腫，巧克力囊腫并不是新生腫瘤。子宮內膜異位在卵巢上，隨著月經周期的改變，子宮內膜也會出血，但出血不能排出來，聚集在卵巢形成囊性改變稱為巧克力囊腫，巧克力囊腫手術后很容易復發。