對于肝內膽管結石，大部分患者需要通過手術取出結石，如果結石直徑超過一公分，或者結石直徑小于一公分，但結石多發并且出現膽道梗阻表現，需要通過手術治療解決問題；若膽管結石直徑小于一公分，同時患者沒有膽道梗阻表現，認為可以密切觀察病情發展，也可先嘗試口服熊去氧膽酸等消炎利膽類藥物進行治療，部分患者可以排出結石。 手術方法包括內鏡下膽道取石，此方法簡單易行，患者恢復快，為老年患者首選手術方法。還有傳統開腹手術取出膽道結石，此方法因為患者創傷比較大，目前已逐步減少使用。目前最為流行方法是腹腔鏡下微創膽道手術，此方法已成為常規肝內膽管結石手術方法，對于患者創傷小、恢復快，優勢明顯。